特别程序相对普通程序而言，主要是指产生国家秘密的机关、单位，在确定某一类秘密事项时所适用的一种程序。确定国家秘密的特别程序，主要是在以下特殊情况下适用：

　　（一）“不明确事项”的密级确定程序：

　　《保密法》第十一条规定：“对是否属于国家秘密和属于何种密级不明确的事项，由国家保密工作部门，省、自治区、直辖市的保密工作部门，省、自治区政府所在地的市和经国务院批准的较大的市的保密工作部门或者国家保密工作部门审定的机关确定。”《保密法实施办法》第十条做了管辖规定：“对是否属于国家秘密和属于何种密级不明确的事项，依照下列规定确定：

　　（1）绝密级由国家保密工作部门确定；

　　（2）机密级由省、自治区、直辖市的或者其上级的保密工作部门确定；

　　（3）秘密级由省、自治区政府所在地的市和国务院批准的较大的市或者其上级的保密工作部门确定。

　　其他机关经国家保密工作部门审定，可以在其主管业务方面行使前款规定的确定密级权。”为使该规定更具操作性，《保密法实施办法》第十一条又进一步规定：“对是否属于国家秘密和属于何种密级不明确的事项，产生该事项的机关、单位无相应确定密级权的，应当及时拟定密级，并在拟定密级后的十日内依照下列规定申请确定密级：

　　（1）属于主管业务方面的事项，逐级报至国家保密工作部门审定的有权确定该事项密级的上级机关；

　　（2）其他方面的事项，逐级报至有权确定该事项密级的保密工作部门。

　　接到申请的机关或者保密工作部门，应当在三十日内作出批复。”

　　各机关、单位在具体的定密工作中，对是否属于“不明确事项”，应把握一个要点，注意两种情况。应把握的一个要点是：该事项必须是符合《保密法实施办法》第四条的规定，并且在所有保密范围的规定中，都未对该事项的密级做出规定。需要注意的两种情况：一是虽在本主管业务方面的保密范围中未就某秘密事项是否属于国家秘密和属于何种密级做出规定，但在其他保密范围中对该事项的密级已有明确规定的。二是属于定密承办人认识上的局限性，对相关保密范围规定的理解出现偏差的，不能视为“不明确事项”。

　　（二）“有争议事项”的密级确定程序：

　　《保密法》第十三条对有争议事项的密级确定已做明确规定：“对于是否属于国家秘密和属于何种密级有争议的，由国家保密工作部门或者省、自治区、直辖市的保密工作部门确定。”绝密级的一律报国家保密局决定。

　　（三）科技定密

　　在科技管理工作中，科技定密是经常遇到的一项重要工作。科技定密工作与普通定密程序有所不同，属于特别定密程序的一种。

　　科技项目立项时的定密程序：

　　（1）产生科技秘密的单位或个人拟定密级；

　　（2）报省、自治区、直辖市科技保密主管部门或中央国家机关科技主管机构审定，报国家科技保密工作部门审核；

　　（3）经专家评审后，拟定科技秘密事项的密级；

　　（4）经国家科技秘密领导小组审定；

　　（5）在一定范围内发布国家科技秘密事项目录。

　　对立项时未定密级的项目，完成成果时需要定密的程序：

　　（1）课题承担人提出拟定密级意见；

　　（2）填写《国家秘密技术项目审查表》报有关国家科技主管部门；

　　（3）经专家评审，确定科技秘密事项的密级；

　　（4）经国家科技秘密领导小组审定；

　　（5）在一定范围内发布国家科技秘密事项目录。

　　确定国家秘密特别程序的规定，解决了需要定密但又无法按普通程序定密的两个问题：一是先拟定密级采取保密措施；二是规定批复时限。即对接到“不明确事项”和“有争议事项”申请报告的上级机关，最迟应在收到报告的三十日内批复。